Autodock Vina提高了结合模式预测的平均准确度，通过使用更简单的打分函数加快了搜索速度， 并且在处理约20个可旋转键的体系时仍然能提供重现性较好的对接结果。它的使用方法和Autodock 4类似，只是少了调用AutoGrid程序（原 Autodock 4 中需要用到）这一步。

1. Glide：精确的配体和受体的对接（docking）工具。 Glide提供SP（标准精度）和XP（额外精度）两种方式为药物发现提供了速度和精度，在SP（标准精度）高精度的对接几十万个配体基础上， XP（额外精度）模式可以对SP的对接结果做进一步检验，以减少假阳性
2. GlideScore充分考虑亲脂性，氢键，金属配位体的贡献，也考虑不合适的键的旋转和原子的空间排斥，可以有效的减少假阳性和提高富集率。 另外含有的SP-QPLD和XP-QPLD打分可以考虑配体在受体内的极性取向。Glide 和Prime模块联用可以实现Induced Fit功能
3. Maestro：是Schrödinger软件的统一界面，超强的图像显示功能使研究人员能清楚的观察最复杂的研究体系
4. Prime: 精确的蛋白结构预测软件包。Prime可以模建出高精度的受体模型，保证药物研发后期的成功。Prime可精确模建Loop区。包含同源模建和threading两种方法
5. Liaison：精确的配体-受体结合能计算程序，Liaison预测结合能在~1 kcal/mol的实验值，可以应用到配体自由度比较大的情况
6. SiteMap: 精确的蛋白活性位点认证工具。 包含两部分功能：活性位点定位；分析活性位点的化学特征
7. CombiGlide：设计针对一个靶标或者一类靶标的富集组合库，并利用靶标结构基于组合库虚拟筛选程序。通过特定的设定过滤化合物，例如ADME预测。并可实现De novo design
8. Epik：快速和精确的预测pKa。Epik能够得到pKa值和3D结构文件，包括多种互变异构体和在特殊条件下可能存在的离子状态
9. MacroModel: 基于力场模建的黄金标准。可处理体系包括有机化合物、糖、核酸、小肽、蛋白等。在研究蛋白-配体的复合物，允许活性位点充分的柔性，而其他的地方刚性
10. Qsite：高性能的QM/MM计算程序。Qsite将量子力学计算应用到蛋白的活性位点的活性中心，对于剩余的蛋白体系应用分子动力学，是先导优化的强有力的工具. 可应用在涉及到电子转移的酶的催化反应及蛋白活性中心含金属的体系
11. Strike: 做统计模型和QSAR的工具。 Strike是做结构-活性关系模型的工具, Strike能使用这个模型快速的预测化合物活性或者预测大的虚拟库的像药性
12. QikProp：快速精确的ADME的预测工具。由耶鲁大学的Bill Jorgensen教授实验室设计。可以对整个分子的3D结构预测，预测性质包括：辛醇/水和水/气体的log Ps, log S, log BB；整个CNS活性； Caco-2和MDCK细胞渗透性；血清白蛋白结合活性log Khsa；HERG 的K离子通道阻断性log IC50
13. LigPrep：精确的2D到3D结构的转换的工具。有效精确的2D到3D的转换是成功药物设计的第一步，LigPrep可从单一结构产生的化学和结构上的多样构象 LigPrep可以为Glide，Qikprop，和Phase产生输入文件。为了符合模拟程序的需要, LigPrep提供的特殊设定可优化输出结构
14. PrimeX：蛋白质X-ray晶体结构精修。包括正确放置配体，Loop区构建以及模拟退火功能
15. Jaguar: 快速的第一原理电子结构计算软件包, 可以将量子化学的精确性引入生命科学研究